金蝶系统中处理负库存的步骤如下：

检查原因

确认是否有未及时录入的库存盘点单或错误的出入库记录。

金蝶怎么修改负库存

核实物料是否真的有负库存存在，以及数量是否正确。

处理负库存

分析是否可以通过报损、报废或退货等方式减少负库存。

如果库存负数不大，可以通过补货调整库存。

如果负库存数量较大，考虑上述减少负库存的方法。

系统设置调整

系统管理员登录ERP主控台，进入【系统设置】→【基础资料】→【公共资料】→【仓库】。

修改仓库属性，例如将【原材料库】的【允许负库存】选项打勾。

调整库存参数，如【隐含非必录信息】以匹配实际库存。

库存更新方式

如果库存更新方式为“保存时更新库存”，直接进行下一步操作。

如果库存更新方式为“审核时更新库存”，需在数据库后台更改库存更新方式为“保存时更新库存”。

使用SQL语句调整

如果需要更深入的修改，可以通过数据库语句调整，例如：

```sql

-- 不允许负库存出库

update t_systemprofile set fvalue=0 where fcategory='IC' and fkey='UnderStock'

-- 不允许负库存结账

update t_systemprofile set fvalue=0 where fcategory='IC' and fkey='UnderStockCalculate'

-- 允许负库存出库

update t_systemprofile set fvalue=1 where fcategory='IC' and fkey='UnderStock'

-- 允许负库存结账

update t_systemprofile set fvalue=1 where fcategory='IC' and fkey='UnderStockCalculate'

```

将上述语句复制到TXT文件中，修改为SQL后缀，然后通过账套管理中的执行命令语句来执行。

请根据具体情况选择合适的方法来处理金蝶系统中的负库存问题。